彗星
微生物生态系统的时空计算（彗星） 是一个计算框架，它将代谢的化学计量模型与分子和细胞过程的生物物理学相结合，以模拟空间结构环境中的代谢。
其他资源
希瓦氏菌微阵列数据
S. oneidensis Affymetrix Microarray platform (GPL8434)
S. oneidensis time series microarray data from Beg et al. 2012 Nucleic Acids 新濠影汇线上赌场研究
S. oneidensis-L. Lactis微阵列数据 from Rosenbaum et al. 2012 PloS One
S. oneidensis-L. Lactis微阵列数据 from Rosenbaum et al. 2011 Bioresource Technology
MULTI-PHENOTYPE上位
相对于多种通量表型，酵母代谢基因缺失之间上位相互作用的通量平衡预测数据
综合生态预测
使用基因组规模的化学计量模型，预测不同微生物物种之间共生相互作用的数据和软件
牙龈卟啉单胞菌代谢模型
基因组尺度代谢网络的数据和可视化 Porphyromonas gingivalis
酵母基因敲除
Visualization of yeast metabolic fluxes for different mutants and growth conditions (using VisANT)
很棒的氧合事件建模
Database of reactions and interactive visualization of metabolic pathways associated with the transition form an anoxic to an oxic world
酵母代谢中的上位相互作用
Monochromatic clustering of epistatic interactions in the metabolic network of 酿酒酵母, computed using flux balance analysis
代谢调节最小化（moma）
使用开源软件进行通量平衡分析的各种脚本和链接。